Wanneer in 1964 drie burgerrechtenactivisten verdwijnen uit een klein stadje in Mississippi, stuurt het FBI twee agenten om de zaak te onderzoeken. De jongste, Dafoe, is de rechtlijnige Yankee die alles volgens het boekje wil doen. Zijn collega, Hackman, een ex-sheriff uit de streek, lijkt een laconieke grappenmaker, die echter goed weet hoe hij de plaatselijke bewoners moet aanpakken. Hij vindt dat je uitschot alleen op de harde manier kan aanpakken. Deze twee botsen op een torenhoge muur van verzet van zowel de schuldigen uit het stadje als de zwarten die tot stilzwijgen werden geterroriseerd.

Dafoe geeft een totaal beheerste vertolking, maar het is toch Gene Hackman die de film steelt. Mississippi Burning is omstreden (regisseur Parker nam het niet zo nauw met de feiten), maar deze film bekijk je vooral voor het acteerduel tussen de twee hoofdrolspelers.